باب نخست (کلیات)
این باب مشتمل بر دو فصل «تعریف آیین دادرسی کیفری و اصول دادرسی منصفانه» و «دعوای عمومی و دعوای خصوصی» است. در این باب، تدوین کنندگان لایحه با توجه به ماده مقدماتی قانون آیین دادرسی کیفری فرانسه و به پیروی از ماده ۱۴ میثاق بین‌المللی حقوق مدنی و سیاسی، در فصل نخست، اصول و قواعد مسلم آیین دادرسی کیفری را که در یک «دولت قانون» همواره مورد توجه و تاکید است پیش بینی کرده‌اند. در فصل دوم این باب، تدوین کنندگان لایحه، با ارایه تعریف بزه دیده و تفکیک شاکی از مدعی خصوصی، یک مورد به موارد موقوفی تعقیب یعنی «توبه متهم در موارد پیش بینی شده در قانون» افزوده‌اند و در این فصل، لایحه باردیگر با توجه به قانون اصول محاکمات جزایی ۱۲۹۰، از ضرر و زیان معنوی سخن گفته است و ضمن تعریف آن، امکان مطالبه هزینه‌های متعارف درمان را که مازاد بر میزان دیه باشند مطابق با نظر کارشناس پذیرفته است.
باب دوم (کشف جرم و تحقیقات مقدماتی)
قسمت نخست باب دوم در مورد «ضابطان دادگستری و تکالیف آنها» است. لایحه در این فصل به احصای دقیق ضابطان دادگستری و پیش بینی پلیس قضایی به عنوان یکی از ضابطان دادگستری و تعیین تکالیف و اقدامات آن پرداخته است. تدوین کنندگان لایحه در مقام تعیین جرایم مشهود، موردی را که متهم بلافاصله پس از وقوع جرم خود را معرفی و وقوع آن‌را خبر دهد نیز در زمره جرایم مشهود قرار داده‌اند و حتی به همه شهروندان اجازه داده‌اند در غیاب ضابطان اقدامات لازم را برای جلوگیری از فرار مرتکب و حفظ صحنه جرم به عمل آورند. فصل بعدی این باب درباره «وظایف و اختیارات دادستان» است. یکی از نوآوری‌های این لایحه، تعیین سازمان‌های غیردولتی است که در زمینه حمایت از اطفال، زنان، اشخاص بیمار و دارای ناراحتی جسمی یا ذهنی، محیط زیست، منابع طبیعی، میراث فرهنگی، بهداشت عمومی و حمایت از حقوق شهروندان فعالیت می‌کنند و به عنوان شاکی در صورت وقوع جرم می‌توانند حضور داشته باشند. باید اضافه کرد که در این لایحه، به تبعیت از الزامات حقوق بشری، اختیارات دادستان محدود شده است به طوری که دادستان حق ندارد کسی را بازداشت یا به تحقیقات مقدماتی اقدام کند و در همین حال، باید با حضور در دادگاه در مقام اثبات اتهامات برآید. در لایحه آیین دادرسی کیفری جدید اختیارات جدیدی نیز برای دادستان در مقام حفظ نظم و امنیت در جامعه پیش بینی شده است. اضافه بر آن در فصل سوم باب دوم یعنی «اختیارات و وظایف بازپرس» که خود مشتمل بر دو مبحث است، تدوین کنندگان لایحه تحقیقات مقدماتی تمام جرایم را بر عهده بازپرس گذاشته‌اند و آورده‌اند که بازپرس باید در کمال بی‌طرفی و در محدوده اختیارات قانونی، تحقیقات را انجام داده و در کشف اوضاع و احوالی که به نفع یا ضرر متهم است، فرق نگذارد و در این مورد اخیر حتی برای بازپرس محکومیت انتظامی تا درجه چهار پیش بینی شده است. در فصل چهارم نیز با عنوان «معاینه محل، تحقیق محلی، بازپرسی و کارشناسی» حضور بازپرس شخصاً و در اسرع وقت در برخی جرایم پیش بینی شده است. فصل پنجم باب دوم نیز تحت عنوان «احضار و تحقیق از متهم، شهود و مطلعان» خود به دو مبحث تقسیم شده است. استفاده از سامانه‌های رایانه‌ای و مخابراتی برای طرح شکایت یا دعوا، ارجاع پرونده، احضار متهم، ابلاغ اوراق قضایی و نیابت قضایی و واگذاری ابلاغ اوراق قضایی به بخش خصوصی از نوآوری‌های تدوین‌کنندگان این لایحه بوده و از همه مهم‌تر اینکه متهم می‌تواند در مرحله تحقیقات مقدماتی، یک وکیل دادگستری به همراه داشته باشد و حتی این حق باید پیش از شروع به تحقیق توسط بازپرس به متهم ابلاغ و تفهیم شود. در فصل ششم باب دوم لایحه نیز به موضوع «قرارهای تامین و نظارت قضایی» پرداخته است. در فصل آخر این باب، در خصوص اقدامات بازپرس و دادستان پس از ختم تحقیقات موادی ذکر شده است.
باب سوم (دادگاه های کیفری، رسیدگی و صدور رای)
این باب مشتمل بر شش فصل بوده که فصل نخست این باب، تحت عنوان «تشکیلات و صلاحیت دادگاه‌های کیفری» ، دادگاه‌های کیفری را به سه دسته تقسیم کرده است:
- الف- دادگاه‌های کیفری عمومی که صلاحیت رسیدگی به تمام جرایم را دارد مگر آنچه که به موجب قانون در صلاحیت مرجع دیگری باشد؛
- ب- دادگاه‌های جنایی که صلاحیت رسیدگی به جرایم مستوجب سلب حیات، مجازات قطع یا قصاص عضو، مجازات حداکثر بیش از سه سال حبس و حبس ابد و جرایم سیاسی و مطبوعاتی را دارد؛
- ج – دادگاه انقلاب که صلاحیت آن نیز تعیین شده است. فصل دوم این باب نیز که خود مشتمل بر پنج مبحث است برای نخستین بار در آیین دادرسی کیفری ایران «ادله اثبات در امور کیفری» را مطرح می‌سازد و ادله در امور کیفری را اقرار، شهادت، علم قاضی و سوگند دانسته و قسامه را برای اثبات یا نفی کیفر قصاص و دیه معتبر می‌داند. در فصل سوم این باب «رسیدگی در دادگاه کیفری» مورد توجه قرار گرفته است و سه مورد برای شروع رسیدگی دادگاه کیفری آمده است:
الف- صدور کیفرخواست؛
ب- صدور قرار جلب به دادرسی توسط دادگاه؛
ج- بیان ادعای شفاهی دادستان در دادگاه، همچنین در تمام امور کیفری، طرفین می‌توانند وکیل یا وکلای مدافع خود را معرفی کنند و متهم می‌تواند تا پایان نخستین جلسه رسیدگی از دادگاه تقاضای وکیل داشته باشد. در فصل چهارم باب سوم لایحه «رسیدگی در دادگاه جنایی» مطرح شده و به اصحاب دعوا اجازه داده شده است تا هر کدام حداکثر سه وکیل به دادگاه معرفی کنند و بسیاری از مواد این فصل با توجه به سابقه داشتن دادگاه جنایی در نظام دادرسی کیفری ایران، تلفیقی از نوآوری‌های تدوین کنندگان لایحه با مقررات قانون اصول محاکمات جزایی (ماده ۱۸۱ به بعد) و قوانین آیین دادرسی کیفری فرانسه (ماده ۲۳۱ به بعد) است. و در نهایت فصل پنجم این باب موضوع «احاله» و فصل ششم «رد دادرس» را مطرح کرده‌اند.
باب چهارم (اعتراض به آرا)
تدوین کنندگان لایحه چهار فصل از باب چهارم را به مراحل پژوهش‌خواهی و فرجام‌خواهی اختصاص داده و جهات فرجام و پژوهش را تعیین کرده‌اند و در نهایت در مورد احکام قطعی نیز موضوع اعاده دادرسی را پذیرفته‌اند.
باب پنجم (اجرای احکام کیفری)
مهمترین نوآوری‌های این باب را می‌توان پیش‌بینی «معاونت اجرای احکام کیفری»، «واحد سجل کیفری و عفو و بخشودگی»، «قاضی اجرای احکام کیفری»، اجرای قرار «تعلیق مجازات»، «آزادی مشروط»، «قرار تعویق تعیین کیفری»، «نظام نیمه آزادی» و «آزادی تحت نظارت سیستم های الکترونیکی» دانست.
باب ششم (هزینه دادرسی و سایر مقررات)
مهمترین نوآوری‌های این باب پیش‌بینی «مرکز ملی تنظیم و ثبت پرونده های کیفری»، اعلام مشخصات و سمت مرتکب، عنوان جرم ارتکابی در پایگاه اطلاع رسانی قوه قضاییه یا روزنامه‌های کثیرالانتشار است.
