در زمان ساسانیان (سده چهارم تا ششم میلادی) حقوق گمرک به میزان یک دهم ارزش یا مقدار از واردات دریافت می‌شده است.
با ورود اسلام به ایران این رویه در سایر ممالک اسلامی رایج گردید. در دوره صفویه عوارض کالاها با توجه به بهای آن تعیین می‌شد. تاریخچه گمرک از سال 1053 هجری شمسی (1674 میلادی) به صورت اجاره ای اداره می‌شد و این ترتیب بیش از دو قرن ادامه داشته است.
در سال 1336 هجری شمسی (1957 میلادی) این سازمان به وزارت منظم و از 1345 هجری شمسی (1966 میلادی) از وزارت اقتصاد مجزا و به وزارت دارایی ملحق شد. هم اکنون ایران از سازمانهای وابسته به وزارت امور اقتصاد و دارایی است.
